อำนาจส่วนกลางตกเป็นของข่านซึ่งได้รับการช่วยเหลือจากสมาชิกสภาทหารและการเมือง อย่างไรก็ตาม ไม่มีการจัดตั้งแผนกบริหารขึ้นในช่วงแรกของจักรวรรดิเจงกีสข่าน องค์กรทหารที่มีลำดับชั้นสูงของชาวมองโกลไม่มีหน่วยงานทางการเมืองหรือฝ่ายบริหาร อิทธิพลของสมาชิกสภาซึ่งได้รับการแต่งตั้งจากข่านโดยไม่คำนึงถึงสัญชาติ ยังคงมีมาก มันเป็นอดีตวิชาจินคือKhitan Yelü Chucai (1190–1244) ชายผู้มีความสามารถสูงและมีการศึกษาภาษาจีนที่ยอดเยี่ยม ผู้ซึ่งห้ามปราม เจงกีสจากการเปลี่ยนพื้นที่ทางตอนเหนือของ จีนทั้งหมดให้เป็นทุ่งหญ้า สมาชิกสภาคนอื่นๆ เป็นชาวอุยกูร์และในบางครั้งภาษาอุยกูร์ถูกใช้ในศาลฎีกามากเท่ากับภาษามองโกล มีการใช้อักษรอุยกูร์ในการเขียนภาษามองโกลด้วย เอกสารที่เก่าแก่ที่สุดที่รู้จักในภาษามองโกลคือจารึกหินที่แกะสลักเมื่อประมาณปี 1224 เศรษฐกิจของพื้นที่ที่ถูกยึดครองไม่ได้รับการจัดระเบียบอย่างเหมาะสมในช่วงเวลาของการพิชิต มองโกเลีย การยกเลิกรัฐบาลที่มีการจัดระเบียบสูงเปิดโอกาสให้ผู้ถือครองเครื่องมือชาวมองโกลใช้ประโยชน์จากการผลิตในท้องถิ่นโดยอาศัยเกษตรกรภาษีที่ไม่ใช่ชาวมองโกลเป็นจำนวนมาก ไม่มีระบบการเงินเดียวสำหรับทั้งจักรวรรดิหรือแม้กระทั่งส่วนใหญ่ของมัน การไม่มีองค์กรพลเรือนในระดับบนสุด ความเป็นอิสระอันยิ่งใหญ่ของหน่วยงานต่างๆ และลำดับความสำคัญสูงในกิจการทหาร ส่งผลเสียหายอย่างมาก และอย่างน้อยก็ในช่วงแรกของการปกครองมองโกลล้วนส่งผลเสียเพื่อความเจริญรุ่งเรืองทางเศรษฐกิจ จักรวรรดิมองโกลอยู่ภายใต้เจงกีสและผู้สืบทอดของเขา ยังไม่ได้เป็นรัฐในความหมายปกติของคำนี้ แต่เป็นการรวมกลุ่มกันอย่างมากมายของดินแดนที่แตกต่างกันอย่างกว้างขวางที่ยึดครองร่วมกันโดยการปกครองของทหาร